หากคุณใช้กล้องจุลทรรศน์ในห้องปฏิบัติการหรือสถานที่ที่ใช้ร่วมกัน สุขอนามัยและความสะอาดเป็นปัจจัยสำคัญ การพิจารณาที่สำคัญประการหนึ่งคือการติดเชื้อที่ดวงตา หากคุณโชคไม่ดีพอที่จะติดเชื้อที่ตา คุณควรงดใช้กล้องจุลทรรศน์ที่ใช้ร่วมกันจนกว่าจะหายดี เลนส์ตา การติดเชื้อที่ตาสามารถติดต่อกันได้ง่ายและแพร่กระจายไปยังผู้ใช้กล้องจุลทรรศน์คนอื่นๆ ได้ง่าย ไม่ว่าสุขภาพดวงตาของคุณจะเป็นอย่างไร คุณควรปล่อยให้เลนส์ใกล้ตาและยางรองตา (และกล้องจุลทรรศน์ทั้งหมดสำหรับเรื่องนั้น) อยู่ในสภาพที่สะอาดพร้อมสำหรับผู้ใช้รายต่อไปเสมอ