เซลล์ใยฝ้ายใช้เพียงเศษเสี้ยวของยีนที่พวกมันมีอยู่ ยีนที่ควบคุมสิ่งต่างๆ เช่น การพัฒนาของกลีบดอก การเจริญเติบโตของราก และความแข็งแรงของลำต้น จะถูก ปิด ในเซลล์ไฟเบอร์ และไม่มีการสร้างโปรตีนจากพวกมัน แต่ยีนที่สำคัญต่อการสร้างเส้นใยกลับถูก เปิด เมื่อยีน เปิด ยีนนั้นจะถูกคัดลอกไปเป็น mRNA ซึ่งจะถูกแปลเป็นโปรตีน โปรตีนจะทำหน้าที่ของเซลล์ ยีนจำนวนมากที่ทำงานอยู่ในเซลล์ใยฝ้ายมีรหัสสำหรับโปรตีน การดูแลบ้าน ซึ่งทำหน้าที่พื้นฐานทั่วไปในเซลล์ทุกประเภท ยีนที่ออกฤทธิ์อื่นๆ มีความจำเพาะต่อการสร้างเส้นใยฝ้าย ตัวอย่างเช่น ในช่วงแรกของการเจริญเติบโตของเส้นใยฝ้าย เอนไซม์เปอร์ออกซิเดสจะสร้างสารเคมีที่ทำให้ผนังเซลล์พืชคลายตัวเพื่อให้สามารถขยาย ดอกฝ้าย และขยายให้ยาวขึ้นได้ ต่อมาเอนไซม์เซลลูโลสซินเทสจะสร้างเซลลูโลสซึ่งทำให้ผนังเซลล์หนาขึ้นฝ้ายแต่ละสายพันธุ์หรือประเภทต่างๆ จะมีลักษณะที่แตกต่างกันออกไป ความแตกต่างหลายประการเหล่านี้เกิดขึ้นจากการแปรผันของยีน เช่นเดียวกับสิ่งมีชีวิตอื่นๆ ต้นฝ้ายจะส่งสำเนายีนไปให้ลูกหลาน เนื่องจากฝ้ายสืบพันธุ์แบบอาศัยเพศ ลูกฝ้ายจะได้รับสำเนา (หรืออัลลีล) ของทุกยีนจำนวน 2 สำเนา จากผู้ปกครองแต่ละคน การรวมกันของอัลลีลที่พวกเขาได้รับมีอิทธิพลต่อลักษณะของพวกเขา ความแปรผันของยีนส่งผลต่อความยาว ปริมาณ คุณภาพ ของเส้นใย และดังที่แสดงในภาพถ่าย สี และการทนไฟ นักวิทยาศาสตร์มีความสนใจในการศึกษายีนที่มีอิทธิพลต่อลักษณะเส้นใยและพืชอื่นๆ เหล่านี้ เพื่อให้สามารถพัฒนาฝ้ายสายพันธุ์ใหม่ๆ ได้