Sun เกิดในครอบครัวชาวนายากจนใน Xiangshan ในมณฑลกวางตุ้ง ทางตอน ใต้ ของจีน ในปี พ.ศ. 2422 ซุน เหม่ย น้องชายของเขาซึ่งก่อนหน้านี้ได้อพยพไปฮาวายในฐานะกรรมกร ได้พาเขาไปที่โฮโนลูลูที่ซึ่งในฐานะนักเรียนที่โรงเรียนมิชชันนารีอังกฤษเป็นเวลาสามปี และที่โรงเรียนอเมริกัน วิทยาลัยโออาฮูอีกหนึ่งปี เขาเป็นคนแรก ได้รับอิทธิพลจากตะวันตกเข้ามา เนื่องจากพี่ชายของเขาไม่เห็นด้วยกับการที่เขาชอบนับถือศาสนาคริสต์ ซุนจึงกลับไปหมู่บ้านบ้านเกิดของเขาในปี พ.ศ. 2426 และไปศึกษาที่บ้านสังฆมณฑลในฮ่องกงในฤดูใบไม้ร่วง ปลายปีนั้น เขารับบัพติศมาโดยมิชชันนารีชาวอเมริกัน ราชวงศ์ชิง ในปี พ.ศ. 2427 เขาย้ายไปเรียนที่ Government Central School (ต่อมารู้จักกันในชื่อ Queen"s College) และแต่งงานกับ Lu Muzhen (พ.ศ. 2410–2495) ซึ่งพ่อแม่ของเขาเลือกให้เขา จากการแต่งงานครั้งนี้มีลูกชายและลูกสาวสองคนเกิด หลังจากเดินทางไปฮาวายอีกครั้ง เขาลงทะเบียนเรียนที่โรงเรียนแพทย์โรงพยาบาลกว่างโจว (กวางตุ้ง) ในปี พ.ศ. 2429 ต่อมาเขาย้ายไปที่วิทยาลัยแพทยศาสตร์สำหรับชาวจีนในฮ่องกงและสำเร็จการศึกษาในปี พ.ศ. 2435